La segunda temporada comenzó su emisión el 15 de abril de 2006. Meses antes, en el especial de navidad de 2005 «The Christmas Invasion» («La invasión en Navidad»), David Tennant protagonizó la primera aventura de la décima regeneración del Doctor.
Después de los acontecimientos del episodio «The Parting of the Ways» («El momento de la despedida») donde Rose (Billie Piper) adquiría un gran poder tras mirar dentro del vórtice temporal de la TARDIS, el Doctor (Christopher Eccleston), viendo como su amiga sufría y era consumida, absorbe toda la energía que ella tenía en su interior, iniciando así su regeneración (pues el cuerpo del Señor del Tiempo tampoco puede soportar dicha energía). Rose se muestra muy confundida cuando observa el cambio de su compañero de aventuras. Siente que no conocía tanto como pensaba a la persona con la que ha estado viajando y enfrentándose a infinidad de peligros.
El
Doctor (David Tennant) comienza a comportarse de manera extraña. Esto es debido a la regeneración. Antes de caer desmayado, consigue que la TARDIS se materialice en Londres, donde con la ayuda de
Rose y su madre, se recupera poco a poco. Justo a tiempo para salvar nuevamente a la humanidad, y para que
Rose descubra que continúa siendo el mismo del pasado, por lo que decide seguir viajando con él. En esta segunda temporada las aventuras se vuelven aún más peligrosas.
Durante estos viajes se enfrentarán a muchos enemigos, pero no lo harán solos. En una de las aventuras se unirá a ellos Sarah Jane Smith (Elizabeth Sladen), compañera del Tercer y Cuarto Doctor. Es en este momento, cuando Rose comienza a ser consciente de la realidad del Doctor, que han existido anteriormente muchos acompañantes porque su vida es más extensa que la de los humanos, y aunque Rose puede pasar toda su vida con él (si así lo quiere), él nunca podrá pasar toda su vida con ella. ¿Merece quedarse solo durante siglos?
En la misma aventura Mickey Smith (Noel Clarke) es aceptado finalmente como acompañante, pues como Sarah le dice al Doctor, necesita a otro Smith junto a él. En un principio no tenían una buena relación, el Doctor nunca le llamaba por su nombre y esto irritaba mucho a Mickey, además no hay que olvidar la fallida relación entre el joven y Rose después de la aparición del Doctor en la vida de la que fuera su novia. Sin embargo, los personajes han superado estas cuestiones y ahora parece que están preparados para viajar juntos.
Mis capítulos favoritos son «The Girl in the Fireplace» («La chica en la chimenea») escrito por Steven Moffat. En esta historia, el Doctor, Rose y Mickey se materializan en una nave espacial que, al parecer, no tiene tripulación. De manera inexplicable, el Doctor puede acceder desde la nave a la habitación de una niña que vive atemorizada por una misteriosa presencia en su habitación. El Doctor descubre que se encuentra en París, en el siglo XVIII y comenzará a investigar qué se esconde tras este suceso, por qué una nave tiene puertas a este lugar en concreto y qué quieren obtener de la joven.
La historia de doble episodio iniciada en «Rise of the Cybermen» («La ascensión de los Cybermen») y que concluye con «The Age of Steel» («La edad del acero») escrita por Tom MacRae aborda la posibilidad de viajar a otros planos. El Doctor, Rose y Mickey aparecen en Londres, pero pronto descubren que se trata de un Londres muy distinto al que conocen. Aquí el padre de Rose, Pete (Shaun Dingwall), está vivo; y ella, nunca nació. La abuela de Mickey está viva… No se trata de un viaje al pasado, sino a un mundo paralelo, donde los sucesos se han desarrollado de manera distinta. El desarrollo aquí es mayor, y esto es debido a la empresa Cybus, que a través de su presidente ha comenzado a crear cyborgs, tomando a humanos y mejorando sus capacidades.
Por supuesto, no podía dejar fuera al doble episodio final, compuesto por «Army of Ghosts» («El ejército de fantasmas») y «Doomsday » («El día del Juicio Final») escritos por Russel T Davies. En la historia protagonizada en el mundo paralelo se mencionaba que no había posibilidad de volver a viajar entre ambos mundos. Los personajes de ese otro universo han descubierto la manera de hacerlo. También el gran enemigo al que se enfrentaban. Pero hay algo más. Tecnología que se encuentra en poder de Torchwood y que pondrá en peligro a toda la humanidad. El Doctor y Rose tendrán que enfrentarse a ellos. Una historia con mucha acción pero que termina dejándome melancólica y triste.
Uno de los aspectos más interesantes de la temporada es la nueva personalidad del Doctor. Disfruta con la aventura y los peligros, es entusiasma, pero mantiene sombras de su anterior regeneración. Desde sus primeros momentos veremos cómo se niega a dar segundas oportunidades a quien no las merece y mostrarse ante estos enemigos de manera implacable. Destaca el sentido de soledad. Aunque se muestra risueño y animado en sus aventuras, siempre tiene esa sombra solitaria que le acompaña y que nos muestra que su larga vida cuenta también con muchos momentos de amarga soledad.
Razas que aparecen
Sycorax
Krillitantes
Cybermens
Ood
The Wire
Isolus
Daleks
Ahí abajo, entre raíces y huesos (Down Away the Sticks and Bones)
La Costa de Alabastro
El Doctor (David Tennant) comienza a comportarse de manera extraña. Esto es debido a la regeneración. Antes de caer desmayado, consigue que la TARDIS se materialice en Londres, donde con la ayuda de Rose y su madre, se recupera poco a poco. Justo a tiempo para salvar nuevamente a la humanidad, y para que Rose descubra que continúa siendo el mismo del pasado, por lo que decide seguir viajando con él. En esta segunda temporada las aventuras se vuelven aún más peligrosas. 
